Pe masura ce raurile si lacurile incep sa primeasca apa uzata neepurata, substantele organice din aceasta se descompun si consuma oxigenul vital pentru fauna acvatica. Acest proces este denumit poluare primara. Masuratorile clasice folosite pentru poluarea primara sunt CBO5(consumul biologic de oxigen la 5 zile, si CCO(consumul chimic de oxigen), ce masoara cantitatea de oxigen extras din apa de catre bacterii atunci cand agentii de poluare se descompun. Cu cat in efuentul deversat se gaseste mai multa materie organica, cu atat creste cantitatea de oxigen necesara pentru descompunera acestor agenti poluanti si, in consecinta, cu atat este mai mare poluarea.i  sunt nitrogenul, fosforul si potasiul.

Poluarea secundara se masoara prin cantitatea de fertilizant adaugata in apa.